ข้อดีของการยื่นคำขอจดทะเบียนเครื่องหมายการค้าระหว่างประเทศผ่านพิธีสารมาดริด เช่น ยื่นคำขอผ่านสำนักงานต้นทาง ในการยื่นคำขอจดทะเบียนใช้แบบฟอร์มทางการแบบฟอร์มเดียว (แบบฟอร์ม MM2) ต่ออายุเพียงครั้งเดียว (ทุก 10 ปี) ใช้ภาษาเดียวในการกรอกคำขอจดทะเบียน (ภาษาอังกฤษ) ขอแก้ไขเปลี่ยนแปลงรายละเอียดในคำขอครั้งเดียว เช่น เปลี่ยนชื่อ และ/หรือที่อยู่ของผู้ขอ หรือเปลี่ยนชื่อ และ/หรือที่อยู่ของตัวแทน เป็นต้น

ข้อเสียของการยื่นคำขอจดทะเบียนเครื่องหมายการค้าระหว่างประเทศผ่านพิธีสารมาดริด เช่น การยื่นคำขอจดทะเบียนระหว่างประเทศต้องอ้างอิงคำขอพื้นฐาน (คำขอที่ยื่นขอจดทะเบียน หรือได้รับการจดทะเบียนในประเทศไทย) ต้องเป็นของเจ้าของเดียวกัน รูปเครื่องหมายเดียวกัน รายการสินค้าของคำขอพื้นฐานครอบคลุมรายการสินค้าในคำขอจดทะเบียนระหว่างประเทศ และหากคำขอพื้นฐานถูกปฏิเสธไม่รับจดทะเบียน หรือถูกเพิกถอนการจดทะเบียนภายใน 5 ปีนับแต่วันที่ได้รับเลขที่จดทะเบียนระหว่างประเทศ (International Registration Number หรือ IRN) ผู้ขอจะได้รับ IRN เมื่อสำนักระหว่างประเทศตรวจแบบฟอร์ม MM2 และพบว่ามีรายละเอียดครบถ้วนสมบูรณ์แล้ว คำขอนั้นจะได้รับ IRN จะส่งผลกระทบทำให้คำขอจดทะเบียนระหว่างประเทศภายใต้พิธีสารมาดริดนั้นสิ้นผลไปด้วย