องค์การทรัพย์สินทางปัญญาโลก หรือ WIPO ผู้เป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบเรื่องคำขอรับสิทธิบัตรในระบบ PCT นั้น ไม่มีอำนาจทางกฎหมายใด ๆ ที่ทำให้สิทธิบัตรดังกล่าวมีผลบังคับใช้ทางกฎหมายในดินแดนภายใต้อำนาจของประเทศสมาชิก โดยในการทำให้สิทธิบัตรมีผลบังคับใช้ทางกฎหมายในประเทศต่าง ๆ นั้น ผู้ยื่นคำขอจะต้องนำผลการสืบค้นและประกาศโฆษณาที่รับรองโดย WIPO ไปยื่นต่อสำนักงานทรัพย์สินทางปัญญาประเทศนั้น ๆ อีกครั้งหนึ่งเพื่อขอรับความคุ้มครอง 

          โดยสรุปแล้ว WIPO นั้นจัดให้มีระบบ PCT ขึ้นมาเพื่ออำนวยความสะดวก ลดภาระขั้นตอน และลดค่าใช้จ่าย แก่เจ้าของสิทธิบัตรในการยื่นขอรับความคุ้มครองระหว่างประเทศโดยเท่านั้น ซึ่งหน่วยงานเองไม่ได้มีอำนาจให้ประเทศสมาชิกต้องคุ้มครองสิทธิบัตรทุกฉบับที่มีการประกาศโฆษณาในฐานข้อมูลสิทธิบัตรโลกของ WIPO 

          ถึงแม้ว่าการประกาศโฆษณาในฐานข้อมูลสิทธิบัตรโลกจะไม่ได้มีผลทำให้สิทธิบัตรฉบับนั้นถูกคุ้มครองทางกฏหมายในทุกประเทศโดยตรง แต่ถึงอย่างไร การประกาศโฆษณาบนฐานข้อมูลสิทธิบัตรโลกเป็นหลักฐานที่มีน้ำหนักมากในการสนับสนุนว่าสิ่งประดิษฐ์ของเราเคยมีการเผยแพร่ต่อสาธารณชน ซึ่งหมายความว่า หากการประดิษฐ์ของเราเคยถูกประกาศโฆษณาในฐานข้อมูลสิทธิบัตรโลกแล้ว หากมีผู้อื่นที่มีสิ่งประดิษฐ์ลักษณะคล้ายหรือใกล้เคียงกับเราในหลังจากนี้ ก็จะไม่สามารถขอรับความคุ้มครองสิทธิบัตรได้ เนื่องจากสิ่งประดิษฐ์ดังกล่าวได้สูญเสียความใหม่เป็นที่เรียบร้อย

          ยิ่งไปกว่านั้น คำขอที่ผ่านการยื่นด้วยระบบ PCT จะได้รับผลการตรวจค้นโดยหน่วยงานตรวจค้นสิทธิบัตรระหว่างประเทศ โดยจะมีการอธิบายอย่างชัดเจนว่าสิ่งประดิษฐ์ดังกล่าวครบเงื่อนไขในการเป็นสิทธิบัตรหรือไม่ ได้แก่ ความใหม่ ขั้นการประดิษฐ์ที่สูงขึ้น และการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม โดยผลการตรวจค้นนี้บอกความเป็นไปได้ในการได้รับจดทะเบียนได้เป็นอย่างดี และจะสามารถช่วยในการตัดสินใจเป็นอย่างมากว่าจะดำเนินการในขั้นตอนขาเข้าประเทศต่าง ๆ หรือไม่

          ขั้นตอนการยื่น PCT ผู้ยื่นคำขอยังไม่จำเป็นต้องตัดสินใจว่าจะยื่นขอรับความคุ้มครองสิ่งประดิษฐ์ดังกล่าวเป็นสิทธิบัตร หรืออนุสิทธิบัตร ผู้ยื่นคำขอสามารถตัดสินใจได้ในขั้นตอนขาเข้าประเทศ โดยใช้ผลการตรวจค้นระหว่างประเทศเพื่อประกอบการตัดสินใจได้เลย แต่ทั้งนี้ กรณีที่จะยื่นเป็นอนุสิทธิบัตรจะขึ้นอยู่กับกฎหมายของประเทศปลายทางว่ามีความคุ้มครองในประเภทดังกล่าวหรือไม่ 

          หากยื่นคำขอ PCT ผ่านกรมทรัพย์สินทางปัญญาประเทศไทย ผู้ยื่นคำขอสามารถเลือกหน่วยงานตรวจค้นสิทธิบัตรระหว่างประเทศได้ดังนี้
          1. China National Intellectual Property Administration (CNIPA)
          2. Korean Intellectual Property Office (KIPO)
          3. Japanese Patent Office (JPO)
          4. Intellectual Property Office of Singapore (IPOS)
          5. IP Australia
          6. United States Patent and Trademark Office (USPTO)
          7. European Patent Office (EPO)

          อย่างทีเห็นไปด้านบน หน่วยงานตรวจค้นสิทธิบัตรระหว่างประเทศก็คือสำนักงานทรัพย์สินทางปัญญาของบางประเทศนั่นเอง ซึ่งไม่ใช่ว่าหน่วยงานของประเทศไหนก็สามารถตรวจค้นได้ แต่เพราะหน่วยงานเหล่านี้ได้รับการรับรองโดย WIPO ให้ทำหน้าที่ดังกล่าวนั่นเอง ซึ่งโดยปกติแล้ว จะแนะนำให้เลือกหน่วยงานตรวจค้นให้ตรงกับประเทศที่มีความสนใจยื่นในขั้นตอนขาเข้าประเทศไว้ก่อน เนื่องจากหน่วยงานของประเทศใด ก็จะสืบค้นโดยใช้ฐานข้อมูลของประเทศนั้นมากเป็นพิเศษ และมีความรวดเร็วในขั้นตอนการตรวจสอบเล็กน้อยช่วงขั้นตอนขาเข้าประเทศ แต่เนื่องด้วยค่าธรรมเนียมการตรวจค้นของแต่ละหน่วยงานนั้นไม่เท่ากัน หากมีงบประมาณจำกัดก็สามารถเลือกหน่วยงานที่มีค่าธรรมเนียมถูกที่สุดก็ได้เช่นกัน สามารถใช้ยื่นขั้นตอนขาเข้าได้ครบทุกประเทศเหมือนกัน

          ทั้งนี้ ค่าธรรมเนียมในการตรวจค้นจะมีการปรับเปลี่ยนค่อนข้างบ่อย เนื่องจากความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยนค่าเงินและนโยบายของประเทศนั้น ๆ จึงควรตรวจสอบประกาศจากกรมทรัพย์สินทางปัญญาหรือตัวแทนสิทธิบัตรก่อนตัดสินใจ

          แต่ะประเทศจะใช้เวลาในการพิจารณาสิทธิบัตรไม่เท่ากัน ขึ้นอยู่กับขีดจำกัดในการตรวจสอบคำขอของสำนักงานทรัพย์สินทางปัญญาประเทศนั้น ๆ ยกตัวอย่างเช่น หน่วยงานของสหรัฐอเมริกา ญี่ปุ่น เยอรมนี และจีน มีจำนวนผู้ตรวจสอบจำนวนมาก จึงใช้เวลาในการตรวจสอบค่อนข้างเร็ว ในขณะเดียวกัน ประเทศในแถบอาเซียนอาจจะมีจำนวนของผู้ตรวจสอบที่จำกัด จึงใช้เวลาในการตรวจสอบสิทธิบัตรที่ยาวนานกว่า

          กรณีไม่มีความจำเป็นที่จะต้องใช้ประโยชน์จากสิทธิบัตรดังกล่าวในประเทศไทย สามารถยื่นคำขอรับสิทธิบัตรตรงเข้าไปยังประเทศปลายทางหรือยื่น PCT เลยโดยไม่ต้องยื่นคำขอไทยก็ได้ แต่ต้องมั่นใจว่างานดังกล่าวไม่เคยถูกเปิดเผยต่อสาธารณชนจนกระทั่งวันที่ยื่นคำขอเป็นครั้งแรก ในทางกลับกัน กรณีที่ยื่นในต่างประเทศหรือยื่น PCT ไว้แล้วสนใจยื่นในประเทศไทยในภายหลัง หากยังไม่เกินกรอบระยะเวลาในการขอถือสิทธิย้อนหลัง ก็สามารถยื่นต่อมายังประเทศไทยได้เช่นกัน

          เนื่องจากการยื่นสิทธิบัตรในทุกประเทศบนโลกนั้นต้องใช้ค่าใช้จ่ายและระยะเวลาจำนวนมหาศาล หากต้องเลือกขอรับความคุ้มครองแค่เพียงบางประเทศ โดยส่วนมากจะแนะนำให้พิจารณาตามประเทศที่วางแผนจะทำตลาด สร้างฐานการผลิต ประเทศที่วางแผนว่าจะไปลงทุน ขายกรรมสิทธิ หรือให้เช่ากรรมสิทธิ รวมถึงประเทศที่มีแนวโน้มที่จะมีการละเมิดทรัพย์สินทางปัญญาสูง

          โดยส่วนมาก กรณีไม่ได้เป็นพลเมืองหรือมีถิ่นพำนักอยู่ในประเทศนั้น ๆ หากเป็นผู้ขอถือสิทธิต่างชาติจะต้องยื่นขอรับความคุ้มครองสิทธิบัตรผ่านตัวแทนสิทธิบัตรที่ได้ขึ้นทะเบียนไว้กับสำนักงานทรัพย์สินทางปัญญาของประเทศดังกล่าวเท่านั้น ซึ่งเมื่อมีคำสั่งต่าง ๆ ให้ดำเนินการเกี่ยวกับสิทธิบัตร สำนักงานทรัพย์สินทางปัญญาจะสื่อสารผ่านตัวแทนที่เป็นผู้ยื่นคำขอเท่านั้น จะไม่มีการเปิดเผยรายละเอียดเกี่ยวข้องกับการประดิษฐ์แก่ผู้อื่นที่ไม่ใช่ตัวแทน เว้นแต่คำขอดังกล่าวได้รับการประกาศโฆษณาต่อสาธารณชนเป็นที่เรียบร้อย 

          ทั้งนี้ มีบางประเทศที่อนุญาตให้ผู้ยื่นคำขอที่เป็นชาวต่างชาติสามารถยื่นคำขอได้ด้วยตนเอง แต่ถึงอย่างไรก็แนะนำให้ตรวจสอบข้อบังคับของประเทศนั้น ๆ ก่อนเริ่มต้นดำเนินการ